Das Wort "Apotheca" kommt aus dem griechischen und bezeichnete zunächst nicht mehr als ein Krämerladen oder ein Lagerhaus. Bis zum 11. Jahrhundert gab es keine Apotheke im heutigen Sinne. Die Menschen schufen sich ihre eigenen Medikamente und Heilmethoden durch Überlieferung und mischten die Arzneien mit Kräutern und Heilpflanzen selbst. Die abendländische Pharmazie war anfänglich noch von starken regionalen Einflüssen geprägt. Bis Kaiser Friedrich II. einen systematischen Versuch unternahm, so etwas wie gesetzliche Regelungen für den pharmazeutischen Berufsstand zu schaffen und die Rechte und Pflichten von Apothekern zu benennen.

In Klosterschulen, wo der "Apotheker" gleichzeitig Arzt und Lehrer war, entstanden die ersten schriftlichen Lehrbücher zum Thema Anbau und Pflege von Kräutern und deren Anwendungsgebiete. Im 13. Jahrhundert wurde erstmals "Pharmazie" an den Universitäten beispielsweise in Bologna, Paris, Oxford und Salamanca gelehrt. Mitte des 13. Jahrhunderts wurden Medizin und Pharmazie als zwei eigenständige Disziplinen getrennt und der Apothekerberuf profilierte sich nach und nach; auch bildeten sich feste Regeln und Bedingungen für die Beschreibung des Berufs.

Seit dem 19. Jahrhundert werden Apotheker in Deutschland an Universitäten ausgebildet. In dem Studium wurden anfänglich vorwiegend die praktische Herstellung und Anwendung von Arzneimitteln gelehrt. Nach und nach richtete sich das Studium auch auf theoretische Bereiche wie etwa sachgerechten Medikamentenverkauf und Patientenberatung aus. Industrielle Herstellung, Ausweitung des Handels und moderne Verteilungsverfahren trugen dazu bei, dass die medizinische Betreuung für alle Bevölkerungsschichten erschwinglich wurde. 1835 gründete Franz-Ludwig Gehe in Dresden die älteste und bis heute existierende pharmazeutische Großhandlung. Heute ist der Beruf des Apothekers eine fest umschriebene Tätigkeit, die gesetzlich formuliert und geregelt ist.

Nicht nur die Institution Apotheke, sondern auch ihre Arbeitsweise hat sich im Laufe der Jahre geändert. Früher teilten sich die Grundstoffe in drei große Bereiche: die pflanzlichen, mineralischen und tierischen Stoffe. Bestanden die Arzneirohstoffe - die materia medica - in den Anfängen noch aus so exotisch klingenden und heute größtenteils vergessenen Substanzen wie Einhorn, Mumia oder dem mehr als 200 Zutaten enthaltenen opiumhaltigen Allheilmittel "Theriak" und waren die Werkzeuge des Apothekers Hornlöffel, Handwaagen, Spatel, spezielle Gewichte und Reibschalen, ist das heute so nicht mehr auszudenken.
Die Räume der Apotheken durchliefen ebenfalls viele Stationen. Waren es im Mittelalter noch die Verkaufsstände und Buden, die oft an zentralen Plätzen wie Markt- oder Kirchenplatz lagen (was man ja bis heute gut beobachten kann), entwickelten sich nach und nach öffentliche Apotheken in festen Gebäuden. Im Gegensatz zu heute war der Herstellungs- und Verkaufsbereich für den Kunden früher nicht zugänglich. Er musste sein Rezept durch ein kleines Fenster durchreichen, der Apotheker bereitete die Rezeptur zu und reichte sie durch das kleine Fenster wieder hinaus. Einen kleinen Teil der Räumlichkeiten konnte der Kunde jedoch auch durch das Fenster sehen, deshalb waren viele Apotheken in den einsehbaren Bereichen höchst prunkvoll gestaltet.

Das Apothekenwahrzeichen (das rote A mit Giftschale und Schlange), so wie wir es heute kennen, gibt es erst seit 1951. Zu Beginn hatte jede Apotheke ihr eigenes Wahrzeichen. (Der Löwe bei der Löwenapotheke als Beispiel.) Erstmals 1929 initiierte die Fa. Verunda einen Wettbewerb, um ein einheitliches Bild zu finden. Sie fanden das "Drei-Löffel-Motiv". Die Nationalsozialisten schufen ihr eigenes Logo bis dann 1951 das bis heute gültige Siegel feststand.